هاشمی رفسنجانی در کتاب خاطرات سال ۶۵ خود که در دست انتشار می باشد به نمونه ای اشاره کرده و می نویسد: “پس از دستگیری سید مهدی هاشمی خبر رسید که قرار است فیلم اعترافات او از تلویزیون پخش شود که این امر موجب نگرانی آیت الله منتظری شده بود.
… من و سید احمد و آقای خامنه ای با امام توافق کردیم که بخش هایی از فیلم که مربوط به آیت الله منتظری و بیت ایشان بود پخش نشود.”
وی ادامه می دهد: “مصاحبه سید مهدی را از رادیو گوش دادیم. چیزهایی در مورد بیت و مدارس و کتابخانه سیاسی ایشان گفت که به نفع آیت الله منتظری نبود. قرار نبود این قسمت ها پخش شود.”
پس از این واقعه دفتر آیت الله منتظری در اطلاعیه ای هرگونه دخالت سیدمهدی هاشمی در دفتر و مدارس و برنامه های ایشان را تکذیب کرده و اظهارات سیدمهدی هاشمی را نسبت به موضوعات فوق جدا تکذیب کرد.
پس از دستگیری مهدی هاشمی، آیت الله منتظری در اعتراض به این دستگیری ملاقات های خود را تعطیل کرد. وی اطرافیان امام را در این وقایع مقصر قلمداد می کرد و این در حالی بود که تلاش اطرافیان امام برای بهبود روابط اغاز شده بود.
هاشمی رفسنجانی ضمن اشاره به این مسائل می نویسد:”احمدآقا آمد. قرار شد از امام تقاضا کنیم که ایشان را به تهران بخواهند و به ایشان محبت نمایند. سپس تلاش شود که خاطر ایشان راضی شود. عصر احمد آقا اطلاع دادند که امام دستور داده اند که ایشان به تهران بیایند و قرار شد شب در جلسه سران قوا هم باشند.”
امام یکی دوبار صریحا گفتند که عمرشان نزدیک به پایان است و شاید چند روز دیگر بیشتر زنده نباشند. دکترها گفته اند امام نباید دچار عصبانیت شوند. خیلی متاثر شدیم. ضمنا به مناسبتی فرمودند احمدآقا اعز اشخاص در دل ایشان اند، اگر خطایی کند مثل دیگران او را تعقیب می کنند. بالاخره آقای منتظری قبول کردند که ملاقات ها را به طور محدود شروع کنند ولی نپذیرفتند که مثل گذشته صحبت و سخنرانی و دخالت در امور نمایند.”
او با اشاره به تلاش های صورت گرفته از طرف اطرافیان امام برای ممانعت از دستگیری سید هادی می نویسد:”عصر آقای ری شهری آمد. گفت نامه ای به امام نوشته و پیشنهاد کرده که سیدهادی (هاشمی داماد آیت الله منتظری) به یکی از شهرهای دور تبعید شود و تحت نظر باشد.نظر من این است که ماموریت به یکی از کشورهای خارجی – مثلا از طرف وزارت ارشاد- داده شود.
در حالی که روابط رو به بهبودی می رفت، پخش کامل اعترافات سید مهدی هاشمی و نیز دستگیری سید هادی هاشمی منجر به تشدید اختلافات ایشان و امام شد و این روند تا جایی پیش رفت که در سال ۶۸ امام خمینی آیت الله منتظری را از سمت قائم مقامی رهبری عزل کرد.