در بیانیه دفتر احمدی نژاد درباره دستگیری بقایی آمده است: برخلاف فتوای صریح مقام معظم رهبری و قوانین و مقررات حاکم، یک مقام مسئول در مصاحبه‌ای مطبوعاتی از فردی دستگیر شده، نام می‌برد و علاوه بر آن، از بیان اتهام وی اجتناب می‌کند و فرصت‌طلبان با استفاده شرایط، انواع اتهامات کذب و ناجوانمردانه را نثار کسی می‌کنند

علی اکبر جوانفکر مشاور مطبوعاتی و رسانه‌ای دولت احمدی نژاد در رابطه با بازداشت بقایی گفت: سفر هفته پیش محمود احمدی نژاد به همدان و استقبال بی‌سابقه مردم از ایشان، نمی‌توانست بدون تبعات باشد.